Certo dia, estando a implorar com maior fervor a misericórdia do Senhor, este mostrou-lhe que brevemente lhe seria dito o que deveria fazer. Desde então, ficou tão cheio de contentamento que, não cabendo em si de alegria, mesmo sem querer, confiava a algumas pessoas algo de seus segredos. Como os companheiros o vissem tão mudado, já mentalmente muito afastado deles, embora corporalmente de vez em quando ainda se reunisse com eles, quase por brincadeira, interrogavam-no de novo: “Francisco, queres casar-te?” Ele lhes respondia com certo enigma.
Poucos dias depois, passando perto da igreja de São Damião, foi-lhe dito em espírito que entrasse nela para rezar. Entrando, começou a orar fervorosamente diante da imagem de um Crucifixo, o qual piedosa e bondosamente lhe falou: “Francisco, não vês que a minha casa se destrói? Vai, pois, e restaura-a para mim”. Trêmulo e atônito, disse: “De boa vontade o farei, Senhor”.
Entendeu que se falava daquela igreja que, por ser muito antiga, ameaçava cair proximamente. Com essas palavras ficou repleto de tanto contentamento e tão iluminado, que sentiu verdadeiramente em sua alma que fora o Cristo crucificado que falara com ele.
Saindo da igreja, encontrou um sacerdote sentado lá perto e, pondo a mão na bolsa, deu-lhe certa importância em dinheiro, dizendo: “Rogo-te, senhor, que compres azeite e faças arder continuamente uma lâmpada diante daquele Crucifixo. Quando este dinheiro acabar nessa tarefa, de novo lhe darei quanto for necessário”.
Desde aquela hora seu coração tornou-se muito comovido, trazendo os estigmas do Senhor Jesus em seu coração, como depois se patenteou evidentemente pela renovação dos mesmos estigmas maravilhosamente realizada em seu corpo e demonstrada com a maior clareza. Desde então se afligiu com tamanha maceração da carne que, são ou doente, austero demais com o seu corpo, poucas ou nenhuma vez foi indulgente consigo mesmo. De fato, depois da visão e das palavras do Crucifixo, tornou-se sempre conforme à paixão de Cristo, até à morte.